EL 28 de febrero de 1849, el Presidente de la República, Manuel Bulnes y el Ministro de Instrucción, Salvador Sanfuentes, firmaron el decreto que autorizaba a la Congregación de los Sagrados Corazones para establecer un colegio en la ciudad de Santiago.
En Enero de 1849, el Obispo Doumer designó en el cargo de Rector del Colegio de ls SS.CC de Alameda al padre Vicente Duboize.
Las clases comenzaron el 15 de febrero para los 35 alumnos matriculados, con régimen de internado.
Hasta 1988 fue un Colegio exclusivo para hombres. En 1989 ingresó la primera promoción mixta en el nivel de Kínder.
En 1937, los sacerdotes de la Congregación- conocidos como “los padres franceses”- ya habían fundado el Colegio de los Sagrados Corazones de Valparaíso, de modo que el Establecimiento santiaguino era la segunda institución educacional de nuestro país.
En la Capital, este nuevo Colegio tuvo gran aceptación desde sus orígenes y muchas familias de gran renombre se esmeraban para matricular a sus hijos en él.
El lugar escogido para comenzar esta misión educativa era un sector de edificaciones ubicado en un amplio terreno, considerado zona rural, ya que estaba un poco alejado de Santiago. Pertenecía a la señora Rosario Albano de Montt. El cuadrante por donde se ubicó el Establecimiento estaba contituido por las calles Alameda por el norte, Sazié por el sur, Carrera por el oriente y, por el poniente, Almirante Latorre; llamado en ese tiempo Avda. Campo de Marte, ya que conducía al campo de Marte, nombre con el que se conocía al patio central de lo que es el actual parque O'Higgins. Este terreno, en principio era arrendado y luego, en 1855 se realizó su compra definitiva.
La gran acogida que tuvo este Colegio en Santiago radicó en el hecho de que se trataba de un Establecimiento educacional con profundas raíces católicas y su educación era equiparable a la de Europa, pues sus maestros eran cultos sacerdotes provenientes de Francia, país considerado cuna de la cultura de la época.
Como el edificio no reunía las condiciones óptimas para la dación de las clases, pues era una casa de campo, el padre Marino Hervieu, quinto Rector del Colegio (1858-1868), inicia la construcción de nuevas dependencias más acordes con la educación que se impartía y con el prestigio ganado. Con esfuerzo y fe se edificó por calle Almirante Latorre. Culminó la construcción el sacerdote Augusto Jamet, con quien, tambien se definió la fachada del Colegio, su nuevo rostro hasta 1920, y se levantó o erigió un nuevo templo.
El 21 de agosto de 1906, el Congreso Nacional en pleno sesionó en el gran salón de actos del Establecimiento, proclamando constitucionalmente al Presidente de la República don Pedro Montt. El 7 de enero de 1920, el Colegio y su templo son destruidos por un voraz incendio. Pese a ello, el año escolar se inició normalmente. En dos años, el plantel fue reconstruido íntegramente con la colaboración de toda la comunidad de los Sagrados Corazones.
En 1949 fueron enajenadas las esquinas de las calles Almirante Latorre con Alameda y Carrera con Alameda, de modo que esta construcción remozada y recortada en sus esquinas constituye el nuevo frontis del Colegio, vigente actualmente.
Este colegio cuenta con el honor de haber formado a grandes personalidades del quehacer nacional, lo que demuestra su influencia en la historia de Chile. Entre sus ex alumnos existen dos Presidentes de la República, José Manuel Balmaceda Fernández y Arturo Alessandri Palma, al igual que artistas de renombre mundial como Nemesio Antúnez y Roberto Matta. Asimismo en él consolidaron su vocación 14 obispos, un Cardenal, Monseñor Juan Francisco Fresno, y numerosos sacerdotes. Además entre sus estudiantes egresados se encuentran ex ministros de la República, senadores, diputados, empresarios, escritores,diplomáticos, deportistas, escultores, pintores y destacados profesionales en el ámbito civil y militar.
En 1972, la Congregación de los Sagrados Corazones cede el Colegio, en comodato, al Arzobispo de Santiago por un período de 20 años, donandoselo definitivamente en 1992.
Grandes acontecimientos de la Historia de Chile están relacionados con el Colegio, por tal motivo, esta noble Institución constituye parte del alma nacional.